Os Grupos de Trabalho são instâncias temporárias vinculadas à Secretaria Executiva, à alguma Câmara Setorial ou à Assembleia de Governadores do Consórcio Amazônia Legal, com o objetivo de atender a demandas específicas e apoiando-os em tomadas de decisões.

São os seguintes Grupos de Trabalho:

Empresas Públicas de Assistência Técnica e Extensão Rural (Agricultura):
Ligado à Câmara Setorial de Agricultura e Economia Verde. O GT é composto por representantes das EMATERs dos nove estados consorciados. O objetivo do grupo é formular propostas de projetos que visem o fortalecimento de Assistência Técnica e Extensão Rural na Amazônia Legal.

Exploração na Margem Equatorial (Meio Ambiente):
Ligado à Secretaria Executiva do CAL e à Câmara Setorial de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável. O GT é composto por representantes dos estados do Amapá, Amazonas, Maranhão e Pará, indicados pelos gabinetes dos Governadores. O seu objetivo é discutir questões gerais relacionadas à exploração de petróleo e que tenham impacto direto sobre a região da Amazônia Legal.

Plataforma Indicar (Meio Ambiente):
Ligado à Câmara Setorial de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável. O GT é composto por servidores técnicos das Secretarias Estaduais de Meio Ambiente, sendo que o grupo tem por objetivo analisar as funcionalidades e a viabilidade de utilização interna de uma plataforma digital que agrega dados sobre indicadores de monitoramento de planos estaduais de prevenção e controle de desmatamento e queimadas.